Das Garantiesystem der WFTO überprüft, ob sich das Unternehmen als Ganzes dem Fairen Handel verpflichtet und verbindet interne und externe Kontrolle. Wer das Prüfverfahren erfolgreich durchlaufen hat, kann seit 2013 seine Produkte mit dem WFTO-Label auszeichnen – eine Orientierung vor allem für Käufer von bislang nicht gesiegeltem Kunsthandwerk.
Seit 2014 dürfen Weltläden das WFTO-Weltladen-Emblem nutzen – wenn sie nachgewiesen haben, dass sie sowohl die Konvention der Weltläden des Weltladen-Dachverbandes als auch die „Retailer Standards“ (Standards für Fair Trade Läden) der WFTO erfüllen.